14.01.1947 r. kościół pod wezwaniem św. Ottona został przekazany Siostrom Klaryskom przez Kurię Administracji Apostolskiej w Gorzowie.
23.01.1947 r. została zapoczątkowana dzienna adoracja Najświętszego Sakramentu.
8.12.1951 r. rozpoczęto wieczystą adorację, trwającą nieustannie dzień i noc.
23.01.1957 r. po przygotowaniu terenu i przystosowaniu go do wymogów życia klauzurowego, na mocy dekretu Jego Eminencji ks. kardynała Stefana Wyszyńskiego Prymasa Polski, nastąpiło zamknięcie klauzury. Tego aktu w imieniu Prymasa Polski dokonał ks. dziekan Karol Chmielewski.
KAPELANI SIÓSTR TO:
1948 - 1949 r. - ks. gen. Bernard Witucki
1949 - 1952 r. - ks. Stanisław Galas
1952 - 1962 r. - ks. Adam Cyronek
1962 - 1967 r. - ks. dziekan Kazimierz Terlecki
1967 - 1995 r. - ks. infułat Wiktor Panecki
1995 - I poł. 2002 r. - ks. Józef Kwieciński
od II poł. 2002 r. - ks. prałat Zbigniew Regliński
1963 r. Dzięki zabiegom ks. dziekana Kazimierza Terleckiego, ówczesnego kapelana Sióstr, wstawiono nowe witraże i zakupiono tabernakulum.
1974 r. Wymieniono organy na nowe. Fundatorem był Stanisław Grabowski z USA.
1989 r. Kościół nawiedził, wędrujący po Polsce, obraz Matki Boskiej Częstochowskiej.
1993 r. Dokonano kapitalnego remontu kościoła. Wymieniono konstrukcję wieży, z drewnianej, na stalową i pokryto dach blachą miedzianą. Wykonano również fugowanie całego kościoła.
2000 r. Przeprowadzono renowację bocznych ołtarzy i drogi krzyżowej. W czerwcu, tegoż roku, Jego Escelencja ks.bp. Ordynariusz dokonał odsłonięcia i poświęcenia epitafium ku czci bł. Bronisława Kostkowskiego, męczennika II wojny światowej, urodzonego w Słupsku i ochrzczonego w tymże kościele. W tym samym roku, umieszczono figurę św. Klary na frontonie kościoła.
2001 r. W przedsionku umieszczono tablicę pamiątkową, najbardziej zasłużonych duszpasterzy tutejszego kościoła :
ks. proboszcz Adolf Pojda
ks. proboszcz Paweł Gediga
ks. prałat Jan Zieja
ks. infułat Wiktor Panecki
2002 r. Poczyniono zmiany w prezbiterium. Tabernakulum usytuowano w nowym miejscu, a prezbiterium wyłożono marmurem. Wykonano główny ołtarz i ambonę z piaskowca.
Wielu dostojników Kościoła nawiedziło tę świątynię i klasztor, m.in. :
- trzykrotnie, ks. kardynał Stefan Wyszyński Prymas Polski,
- ks. kardynał Józef Glemp Prymas Polski,
- Nuncjusz Apstolski ks. arcybiskup Józef Kowalczyk i inni.
Od 1851 r. msze święte odprawiane były w niej sporadycznie. Dopiero od 1854 r. regularnie przez kapłana z Koszalina, do którego Słupsk kanonicznie przynależał.
W 1866 r. Słupsk otrzymał własnego duszpasterza i prawa korporacyjne.
23.07.1872 r. został wmurowany kamień węgielny pod kościół św. Ottona - przez pierwszego miejscowego proboszcza, ks. Oscara Schoenborna. Projektantem świątyni w stylu neogotyckim był architekt - S. Heinze.
11.12.1873 r. stały delegat biskupa wrocławskiego, rezydujący w Berlinie, ks. Robert Herzog, dokonał uroczystego poświęcenia kościoła św. Ottona (biskupa z Bambergu i misjonarza Pomorza).
W 1889 r. placówka duszpasterska - za zgodą władz państwowych - otrzymała pełną niezależność i status parafii.
PROBOSZCZOWIE PARAFII ŚW. OTTONA w SŁUPSKU:
1869 - 1887 r. - ks. Oscar Schoenborn
1887 - 1897 r. - ks. Paul Lincke
1897 - 1908 r. - ks. Johan Hartmann
1908 - 1911 r. - ks. B. Mangelsdorff
1911 - 1917 r. - ks. Carl Sauer
1917 - 1927 r. - ks. Adolf Pojda
1927 - 1945 r. - ks. Radca duchowny Paweł Gediga (od 1937 r. dziekan dekanatu Koszalin)
Pierwszym powojennym polskim proboszczem był ks. Jan Zieja 1945 - 1947r.
Z czasem przeniesiono siedzibę parafii do kościoła Najświętszego Serca Pana Jezusa, a kościół św. Ottona 14.01.1947 r. przekazano na własność Franciszkankom Najświętszego Sakramentu (obecnie Klaryski od Wieczystej Adoracji Najśw. Sakramentu), przybyłym tutaj z Kęt.